Phần bìa của The Velvet Underground & Nico đã trở thành kinh điển với thiết kế quả chuối vàng bởi Andy Warhol. Những ấn bản đầu tiên của album được ghi dòng chữ "Peel slowly and see" ("Bóc thật chậm và nhìn"), và khi bóc miếng dán, chiếc vỏ chuối sẽ bong ra để lộ phần ruột màu hồng. Một hệ thống máy in đặc biệt đã được yêu cầu cho phần bìa này (một trong những lý do khiến album bị trì hoãn ngày phát hành), song MGM đã chi trả toàn bộ với hi vọng rằng mọi sản phẩm có liên quan tới Warhol đều có thể thúc đẩy việc kinh doanh[8][12]. Phần lớn các ấn bản đĩa than của album này không có thiết kế miếng dán theo kèm, và các ấn bản gốc có miếng dán trên đã trở thành những bản hiếm. Bản LP tái bản tại Nhật vào những năm 1980 trở thành những ấn bản duy nhất sau nhiều năm có thiết kế miếng dán đó. Trong bản tái bản năm 1996, hình ảnh quả chuối vàng vẫn nằm trên mặt bìa ngoài, còn hình ảnh phần ruột quả chuối được đưa vào phần bìa trong kèm CD. Năm 2008, album được chuyển thể theo dạng đĩa than nén và ấn bản này lại có miếng dán như bản gốc.

Tranh chấp về thiết kế phần bìa mặt sau

Khi album lần đầu được phát hành, phần bìa sau (chụp trong một buổi diễn của Exploding Plastic Inevitable) có hình ảnh của diễn viên Eric Emerson chiếu trên phông nền phía sau ban nhạc. Emerson bắt đầu khởi kiện vì việc sử dụng hình ảnh của anh khi không được phép, cho dù anh đã được trả tiền[8]. Trái với việc theo kiện, MGM tiến hành thu hồi toàn bộ lượng album chưa bán được và yêu cầu tẩy mờ ảnh của Emerson cho tất cả các album còn lại. Các album đó sau này được bày bán với một miếng dán hờ che đi hình ảnh của Emerson. Tuy nhiên, cuối cùng ấn bản CD vào năm 1996 đã giữ ảnh của diễn viên này như nguyên thủy.

Tranh chấp về thiết kế phần bìa mặt trước

Tháng 1 năm 2012, nhóm quyền lợi "Velvet Underground" (với Cale và Reed là 2 thành viên chính) đã khởi kiện 'Quỹ Andy Warhol về Nghệ thuật thị giác' lên Tòa án New York (S.D.N.Y.) sau khi Quỹ này cho phép hãng Incase Designs sử dụng thiết kế quả chuối vàng lên phụ kiện của iPhone và iPad. Đơn kiện bao gồm 4 luận điểm, trong đó 1 về quyền tác giả và 3 về thương hiệu.

Với lý lẽ rằng Quỹ Andy Warhol "có lẽ" sở hữu bản quyền thiết kế, nhóm quyền lợi đã yêu cầu tòa án tuyên bố rằng Quỹ trên hoàn toàn không có quyền lợi đó[18]. Về phía mình, Quỹ Andy Warhol đã đưa ra bằng chứng một "thỏa thuận không tranh chấp" với lời hứa rằng cho dù nhóm hay bất kể bên nào khác sử dụng bản thiết kế này với mục đích thương mại thì Quỹ cũng sẽ không đòi hỏi quyền lợi về bản quyền trước tòa. Ủng hộ Quỹ Andy Warhol, thẩm phán Alison J. Nathan quyết định dừng và không khởi tố vụ kiện theo đề nghị của nhóm quyền lợi. Theo ông, Hiến pháp Mỹ cho phép các tòa án liên bang nhận biết sự tồn tại của các ràng buộc hợp đồng, cho phép tiếp tục hay dừng tranh chấp về quyền lợi hợp pháp dựa trên những trường hợp cụ thể cùng các thỏa thuận đặc biệt và từ đó đảm bảo sự có mặt của tòa án để bảo vệ bên nguyên tránh bất kể phần thiệt hại nào trong quyền lợi của riêng họ. Ông cũng nhận xét rằng đơn kiện của nhóm quyền lợi không đi theo thông thường vì cho dù Quỹ tiếp tục khẳng định bản quyền chăng nữa – trong trường hợp quyền này bị cho là không hợp pháp – thì việc làm trên cũng không gây ra thiệt hại nào cho nhóm hoặc tước đi quyền sử dụng thiết kế này của họ. Thực tế, nhóm quyền lợi không đề nghị với tòa rằng họ sở hữu bản quyền này, mà họ muốn yêu cầu tòa tuyên bố Quỹ Andy Warhol không có quyền lợi đó. Sau phán quyết, Quỹ Andy Warhol cam kết không khởi tố bất kể "việc sử dụng thiết kế quả chuối vàng" bởi nhóm quyền lợi, nhóm có thể sử dụng quyền đó một cách tự do mà không thể vấp phải bất cứ cản trở nào từ Quỹ (theo điều khoản của Luật Bản quyền[gc 3]). Nếu nhóm quyền lợi đi xa hơn những điều kiện này nhưng vẫn trong khuôn khổ thương mại, chiếu theo việc Quỹ thực chất vẫn sở hữu bản quyền của bản thiết kế, quyết định của tòa án có thể sẽ vô hiệu lực. Đây là một quyết định mang tính tham khảo, và tòa án liên bang chưa từng có một án lệ tương tự. Tòa án từ đó bác đơn kiện của nhóm quyền lợi và giữ bản quyền cho Quỹ Andy Warhol.

Những vấn đề khác về thương hiệu không nằm trong khuôn khổ của vụ kiện vì có những thỏa thuận đồng thuận, và đơn kiện của nhóm quyền lợi sau đó được rút lại vào tháng 5 năm 2013[19].